Me ha pasado que tengo unos discos duros internos el cual ahora uso como extrenos, el cual una vez tuvieron algun sistema operativo, el problema fue que necesitaba formatear el disco duro me decia que no se podia ya que contenia un sistema de arranque en este caso el Windows, a lo que me encontre esta herrameinta interesante y gratuita el cual si me permitio darle un formateo a bajo nivel, espero y esta herramienta les pueda ayudar

HDD LOW LEVEL FORMAT TOOL